输入文件
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基础
查看下面的流程图以了解输入文件的一般概念
classDiagram
class Restart{
* 文本文件
* 系统配置
}
class Movies{
* LAMMPS 数据文件
}
class OUTPUT{
* 生成的文件和信息
}
class RUN{
* 实际的模拟过程
}
class Adsorbate_definition{
* 临界属性
* 分子尺寸
* 原子位置
* 连接性
}
class CIF{
* P1 对称性
* 系统尺寸
* 位置
* 部分电荷（可选）
}
class simulation_input{
* 你的系统有电荷吗？
* 运行步数或周期？
* 运行多长时间？
* 模拟类型？
}
class FORCEFIELD{
* 指定一般和特殊的相互作用
}
class SPACE{
* 系统的空间信息
}
FORCEFIELD <|-- force_field_def
FORCEFIELD <|-- force_field_mixing_rules_def
FORCEFIELD <|-- pseudo_atoms_def
simulation_input <|-- FORCEFIELD
SPACE <|-- CIF
SPACE <|-- Adsorbate_definition
simulation_input <|-- SPACE
RUN <|-- simulation_input
OUTPUT <|-- RUN
Movies <|-- OUTPUT
Restart <|-- OUTPUT
class force_field_def{
* 尾部修正（可选）
}
class force_field_mixing_rules_def{
* Lennard-Jones
}
class pseudo_atoms_def{
* 质量
* 电荷
* 元素
* 极化
}- 运行最简单的模拟需要五个文件
- simulation.input
- force_field_mixing_rules.def
- pseudo_atoms.def
- 晶体学信息文件（CIF)
- 吸附质定义文件，例如: methane.def
- 还有一些可选文件
- force_field.def
- 机器学习模型
simulation.input
- gRASPA 的格式与 RASPA-2 非常相似。
- 但是，为了确保可重复性和严格性，我们有额外的要求。
- 代码会检查所需关键字列表
- 如果缺少关键字，代码将终止